Морской Николаевский Собор задуман был как Храм-памятник всем когда-либо погибшим морякам.Планы по постройке собора в Кронштадте возникали ещё в 1830-х годах, однако разрешение на сбор добровольных пожертвований на постройку храма было получено лишь в 1897 году. Было решено возвести храм на Якорной площади, занятой прежде старыми якорями и позволявшей своим пространство также устроить вокруг собора парк и площадь для крестных ходов. Одним из условий постройки была высота купола собра, которая должна была быть достаточной, чтобы служить ориентиром для кораблей в море,а крест должен был бросаться в галза морякам.
Сама постройка началась только 1 сентября 1902 года и в ней принимал участией император Николай II, посадивший вокруг собора 32 годовалых дуба. Был произведён молебен, по окончанию которого из крепости и кораблей был дан 31 выстрел в качестве салюта.
В 1907 году храм был вчерне готов, начались работы по внутренней отделке. Строительные работы были выполнены на сумму 1 876 000 рублей.
Освящение собора состоялось 10 июня 1913 года, также при императорской семье. Службы в соборе проводились до 1927 года. 14 октября 1929 года храм был окончательно закрыт, а со временем при советской власти в нём был оснащён кинотеатр.
В начале 2000-х храм стали реставрировать, а с 2010 года в нём вновь стали проводить службы.