История Ботанического сада берёт своё начало в 1712 году, когда из Москвы в Санкт-Петербург на Вороний остров перемещён Аптекарский приказ.Это учреждение заведало всем медицинским и аптечным делом. В 1714 году Петр I учредил Аптекарский огород, где выращивали лекарственные травы и диковинные растения, а Вороний остров стал называться Аптекарским.
К 1823 году количество уникальных лекарственных и экзотических трав так увеличилось, что Аптекарский огород преобразовали в Императорский Ботанический сад. Несмотря на большое наводнение 1824 года, уничтожившее большую часть растений, к середине 19 века коллекция стала крупнейшей в мире и насчитывала около 15000 видов растений. Ботанический сад перешёл в подчинение Министерству Императорского двора и переквалифицировался в научно-исследовательский центр. Были возведены оранжереи, чертежи которых в основном сохранилась до наших дней, а также построены Дом садовника и Дом главного ботаника, пруд и беседка. Построены здания Ботанического музея и Пальмовая оранжерея, а затем Гербарий и Библиотека.
Во время войны многие галереи были разрушены и часть теплолюбивых растений погибла. В 1940 году был создан Ботанический институт имени Владимира Комарова.
В настоящее время обширные собрания растений находятся в оранжереях и в парке. Площадь оранжерей занимает один гектар, а общая их протяженность – один километр. В них произостают
7,5 тысячи видов растений, в том числе из самых экзотических уголков мира. Посетители могут полюбоваться Висячими садами из эпифитов – растений, поселяющихся на других растениях, но не получающих от них питательных веществ. Также тут растут плодоносящие манго и какао, кофе и тропическая слива – флакуртия, бананы и цитрусовые, инжир и фейхоа, гранат и другие интересные растения.
С февраля в Ботаническом саду цветут австралийские акации, а к весне зацветают азалии, поражают пальмы и жасмины, изящные эрики и множество цветов самой разнообразной палитры. Гордостью сада является коллекция древесных и травянистых растений в открытом грунте.